İBS’nin nedeninin barsak florasındaki bazı yararlı
bakterilerin eksikliği olduğu bilinmektedir. Bazı görüşler, barsaklarda anormal
bakteri popülasyonunun İBS’ye neden olduğunu savunurlar. Bakteri peptitleri,
barsaklarda immun hücreleri etkileyerek İBS’ye neden olabilirler. Bu durumda en
iyi tedavi, yoğurt tüketerek barsaklardaki en önemli bakteri olan
“Lactobacillus”u arttırmaktır. Değişik mekanizmalarla, barsaklarda besinlerle
reaksiyon yaratılarak diyare ve ağrı oluşturabildiğine dair pekçok kanıt vardır.
İBS’si olan 150 hasta üzerinde yapılan çalışmada, hastalara 3 ay süre ile
eliminasyon diyeti ve serbest diyet tedavisi uygulanmış, 12 hafta sonra elde
edilen sonuçlar; serbest diyetin eliminasyon diyetinden %24 daha fazla
hastalığın seyrinde bozulmaya yol açtığını ortaya koymuştur. IgG antikorlarına
dayalı besin eliminasyonunun, İBS belirtilerini azaltmada etkili olduğu ileri
sürülmüş ve daha fazla araştırma yapılması gerektiği belirtilmişse de yapılan
başka bir çalışmada da eliminasyon diyeti ile İBS belirtilerinde iyileşme
olduğu belirlenmiştir.