Genetik çalışmalar
ve tedavide kullanılan ilaçlara bakıldığında migrenin bir kanalopati olduğu
görüşü kabul görmüştür. Ailevi hemiplejik migren genetiği en iyi araştırılmış
migren tipidir. Ailevi hemiplejik migrende CACNA1A (FHM1), ATP1A2 (FHM2), ve
SCN1A (FHM3) genlerinde mutasyon saptanmıştır. Aynı mutasyonlar sporadik hemiplejik
migren hastalarının bazılarında da saptanmıştır. Bu genlerin auralı migrende
yayılan kortikal depresyonla ilişkili olabileceği düşünülmektedir (37). Bu
kanallar beyinde ve nüromuskuler kavşakta yaygın olarak bulunmakta ve sinaptik
aralığa transmitter salınımında rol oynamaktadır. Ailevi hemiplejik migreni
olan altı ailede R1347Q gen mutasyonu saptanmıştır. Genotip-fenotip ilişkisine
bakıldığında hastaların travmanın tetiklediği bilinç kaybı ve epilepsinin
olmadığı, ataksili ya da ataksisiz hemiplejik migrene sahip olduğu
gözlenmiştir. R1347Q gen mutasyonu hemiplejik migrende en sık görülen 3.
mutasyon olduğu için fenotipi uyan hastaların genetik olarak araştırılması
önerilmektedir