Ozon tedavisinin yan
etkisi yok denecek kadar azdır. Şimdiye kadar bildirilen yan etkiler uygulama
hatalarına bağlı lokal komplikasyonlardır. Bazı durumlarda ozon tedavisi
uygulanması sakıncalı olabilir. Bu durumlar: glukoz 6 fosfat dehidrogenaz enzim
eksikliği (favizm), özellikle erken dönem olmak üzere hamilelik, anjiotensin
çevirici enzim (ACE) inhibitörü tedavisi görenler, hipertiroidi, kanama
bozukluğu, kontrol altına alınamayan kardiyovasküler hastalıklar ve ozona
reaksiyon gösteren astım hastaları olarak sıralanabilir.