Restriksiyon Enzim Analizi
Restriksiyon endonükleazlar (RE), kısa DNA dizilimlerini özgül olarak tanıyan ve bu dizilimlere yakın bölgelerden veya bu dizilimler içindeki spesifik bölgelerden DNA’yı kesen enzimlerdir. Farklı mikroorganizmalardan elde edilip; DNA üzerinde aynı diziyi tanıyıp kesim yapan enzimlere izosizomerler denir. MspI enzimi bu tür enzimlerdendir. Son zamanlarda adenovirus serotiplerinin ayırımında DNA üzerinde belli tanıma ve kesme bölgeleri olan RE analizi kullanılmaktadır. Bu yeni metodla daha önce ara tipler olarak tanımlanan suşların yeni bir alt grup olarak sınıflandırılmaları sağlanmıştır. AdV tip 43 – 49 ve AdV 50 ve 51 bu yöntem sayesinde belirlenebilmiştir (Richmond et al. 1988, Echavarria et al. 1999). Adenovirusların hızlı tiplendirilmesi için kullanılan PZR-RE kesimi kombinasyonu ile 51 adenovirus serotipini ve 1, 3, 4, 5, 7, 11, 19, 40 ve 41’e ait 44 farklı varyantı saptamak mümkün olmuştur. Ayrıca fiber gen bölgesinden seçilen primerler kullanılarak geliştirilen yeni bir PZR yöntemiyle A-F arası adenovirus türlerini tek bir amplifikasyon reaksiyonuyla tanımlamak mümkün olmuştur (Xu et al. 2000).
Genomik yapı ve genetik dizilim virüs aileleri, tipleri ve türleri arasında farklılık göstermektedir. Bu farklılığı DNA’nın RE’lerle kesimi sonrası ortaya çıkarmak mümkün olmaktadır. Aynı RE ile farklı DNA’ların kesilmesinde birbirinden farklı uzunlukta parça profili oluşmaktadır. Nükleik asit tabanlı tiplendirme sistemlerinde (RFLP, PFGE gibi) bu yaklaşım sıklıkla kullanılmaktadır ve moleküler tiplendirmenin en etkili yöntemlerinden biri olarak kabul edilmektedir ( Pingoud et al. 1993). Uygun RE’nin seçilmesinde bazı kriterler mevcuttur. Kesimden sonra ortaya çıkan parça uzunluğu analiz için uygun olmalıdır. En iyi sonuçlar 1-15 kb arasında olan parçalardan alınmaktadır. Ayrıca kesim sonunda analizi mümkün kılacak kadar parça oluşmalıdır
